Como regra geral, as faturas devem ser emitidas, o mais tardar, no 5º dia útil seguinte ao momento em que o imposto é devido. Na venda de bens o imposto é devido no momento da sua colocação à disposição, por sua vez, na prestação de serviços será aquando da sua realização. Contudo, nos adiantamentos que precedem a realização dessas operações, não existe o prazo do 5º dia útil seguinte, sendo o imposto exigível aquando do recebimento dessa quantia, assim, a fatura deve ser imediatamente emitida.

Sempre que o sujeito passivo tenha realizado operações (ativas ou passivas), consideradas efetuadas em espaço ou espaços fiscais diferentes daquele em que se encontra localizada a sede da sua atividade, deve proceder à entrega do anexo R.
As regras de localização das operações devem ser utilizadas com as necessárias adaptações (entenda-se para efeitos de determinação da taxa de IVA a aplicar) quando estejam em causa operações entre o continente e as Regiões Autónomas ou entre as Regiões Autónomas (Açores e Madeira).
Para separar e identificar essas operações terá que entregar um ou dois anexo(s) "R”, referente aos diferentes espaços geográficos.

Por exemplo, um sujeito passivo com sede na Região Autónoma da Madeira, um arquiteto, que presta serviços relativos a um imóvel situado em Sesimbra (no continente), sendo o seu cliente um particular residente nos Açores. Neste caso, prevalece a regra de localização do imóvel, pelo que a liquidação do imposto será à taxa em vigor no continente para este tipo de operação. O arquiteto terá que proceder à entrega do anexo R juntamente com a sua declaração periódica de IVA, neste incluindo a liquidação do IVA a taxa diferente daquela que normalmente utiliza nas suas operações. Este imposto será integrado na declaração periódica de IVA nos campos 66 ou 68.

Por exemplo, se uma prestação de serviços for realizada no dia 27 de dezembro de 2019 e a fatura for emitida no dia 2 de janeiro de 2020, esta operação deverá ser incluída na declaração periódica de IVA de janeiro, ou do primeiro trimestre de 2020 (conforme o caso). Ainda que o serviço seja realizado no ano de 2019, sendo a respetiva fatura emitida dentro do prazo legal previsto para tal, o imposto é exigível na data de emissão da fatura.
Caso a fatura referente a esta mesma prestação de serviços seja emitida no mesmo dia da sua realização, isto é no dia 27 de dezembro de 2019, então o imposto é exigível nesta data, logo a operação deverá ser incluída da declaração periódica de IVA de dezembro ou do quarto trimestre de 2019 (conforme o caso).

Por exemplo, um sujeito passivo com sede no Porto que compra bens a um seu fornecedor da Região Autónoma dos Açores, os bens vêm diretamente dos Açores para o armazém do seu cliente no Porto. Esta transmissão de bens, cujo início de transporte ocorreu nos Açores é tributada à taxa de IVA em vigor nessa Região Autónoma. O cliente (com sede no continente) terá que proceder à entrega do anexo R à declaração periódica de IVA, neste procedendo à dedução do IVA à taxa em vigor nos Açores. Este imposto será integrado na declaração periódica de IVA nos campos 65 ou 67.

Os documentos de faturação, os documentos de transporte, recibos e quaisquer outros documentos de conferência de mercadorias ou de prestação de serviços que se apresentem em formato papel podem ser digitalizados e arquivados em formato eletrónico. Neste momento, não estão clarificados os procedimentos específicos para se realizar a digitalização dos documentos em papel. Apenas estão previstos requisitos e condições genéricas, nomeadamente de que as operações de digitalização e arquivo eletrónico devem ser executadas com o rigor técnico necessário à obtenção e reprodução de imagens perfeitas, legíveis e inteligíveis dos documentos originais, sem perda de resolução e informação, de forma a garantir a sua consulta e reprodução em papel ou outro suporte eletrónico.